上海市原有兩個大型集中式水源地：太湖流域黃浦江上游水源地和長江口陳行水源地。2007年6月5日，長江口青草沙水源地原水工程正式開工建設，標志著上海已經擁有三個大型的水源地，青草沙水源地在2009年駿工，2010年投入使用。
　　五個中小型集中式水源地，分別是：嘉定墅溝水源地、浦東川楊河水源地、南匯大治河水源地、崇明南橫引河水源地，以及內河分散水源地。“青草沙”這個位于長江口崇明島和長興島之間的優質水源地，目前已成為上海市內接近50%人口的自來水來源地，亦是上海逐漸擺脫對黃浦江上游來水依賴的重要工程——上海“母親河”黃浦江早已被水質惡化的陰影所籠罩。
　　但是“青草沙”這個被譽為“百年戰略”的水庫，在其建成的第三年就引起了水務系統人士對其水質惡化的擔憂。今年8月中旬，上海市水務局在回復三位上海市政協委員的提案中稱，相關職能部門已經采取多項措施，防止青草沙水庫富營養化。
　　今年上海“兩會”期間，正是上述三人提出，長江口水質目前氮、磷含量偏高，青草沙水庫存在富營養化、并產生藍藻水華的可能。“按照目前長江口的污染形勢，如果不加以治理，青草沙水庫可能只有10-20年壽命，”全國政協委員、華東師范大學生態學終身教授陸健健對本報記者稱，“青草沙的水質目前確實比黃浦江上游好，但我只能希望它維持的時間能夠長一點。
　　江蘇蘇州和南通之間的蘇通大橋東側，有一名為徐六涇的河段，河寬約5公里，是長江水注入東海的咽喉要道。青草沙水庫位于徐六涇下游直線距離約60公里處，其來水亦通過徐六涇。
　　而徐六涇的水質目前每況愈下。污染這里的水質的，有位于上海境內的石洞口、竹園和白龍港三大污水處理廠，亦有江蘇境內的化工企業，其中包括位于南通的一個日本在華投資巨大的工業項目，其造紙廠排出的工業廢水也流入徐六涇。
　　國家海洋局第一海洋研究所人士屠建波的文獻稱：長江口及其鄰近海域總氮和總磷的通量持續增大，已經屬于富營養化區域。
　　“長江口水體中還含有不可降解的有機物。其中大多為環境內分泌干擾物，具有持久性、半揮發性以及高毒性的特征，對人體健康存在長期而隱秘的影響。”中國海洋湖沼學會水環境學會理事徐亞同對本報記者說。
　　而2012年6月份發生在上海金山區的一起水污染事件更加提醒我們要：重視水源問題。信息時報訊 據媒體報道，“昨天純凈水都快賣光了，今天上午供貨商過來把貨補齊的。”上海金山一家超市員工說。據悉，由于取水口所在河道被污染，6月4日、5日，上海金山各大超市的純凈水遭到搶購。
　　上海金山區政府新聞辦公室在官方微博上發布消息稱，經排查已經初步鎖定污染源，并責令疑似污染肇事企業停產整頓，河道水質已經恢復正常。昨日上午檢測顯示，上海石化水廠自來水水質正常。市民舉報發現水體異常。
　　金山當地一位居民說，6月4日他收到朋友的電話，說金山自來水取水口的水質出現問題，“讓我最近不要飲用自來水”。金山是上海化工企業更為集中的地區，上海石化、上海化工工業區、上海精細化工產業園區均位于金山區。
　　實名認證為“上海市金山區人民政府新聞辦公室”的微博賬號“@金山傳播”在6月5日22時57分發布了一份《關于金山區中運河部分區域水體異常及其處置情況的通報》(以下簡稱《通報》)。
　　《通報》稱，6月4日上午，有群眾舉報金山區中運河部分區域水體發生異常，此后區環保局對金山區域內的4個點進行采樣檢測，數據表明，化學需氧量、氨氮比平時略高，超出地表水IV類標準。
　　根據我國目前執行的《地表水環境質量標準》(GB 3838-2002)，我國地表水質標準分為五類，Ⅰ類、Ⅱ類、Ⅲ類可用作飲用水源，而Ⅳ類主要適用于一般工業用水區及人體非直接接觸的娛樂用水區，Ⅴ類則主要適用于農業用水區及一般景觀要求水域。
　　“現在的自來水有股鐵銹味。”金山當地居民告訴記者。“但是政府已經發了通告，用來洗漱應該問題不大了。”這位居民說，“但是我們現在還是在喝桶裝水。”6月6日，“金山傳播”發布消息稱，目前金山區環保、水務部門正聯合中運河周圍區域各鎮，成立6個工作組，對污染源進行地毯式排查。
　　昨天下午，“金山傳播”再次發布消息稱，金山區水體污染源排查工作取得重要進展，已初步鎖定疑似污染源，并責令疑似污染肇事企業停產整頓，相關證據正在進一步查實。不過，金山區政府并未公布疑似肇事企業名稱。金山區政府網站稱，經過處置，目前中運河及周邊河道水質已恢復正常，6月7日上午的檢測顯示，上海石化水廠自來水水質正常。